司法鉴定启动问题是鉴定程序的起点，又是一个国家司法鉴定制度的核心问题。在设置鉴定的启动权时，必须充分实现对当事人双方的平等对待，防止双方的权利失衡。最高人民法院2001年颁布了《关于民事诉讼证据的若干规定》中规定，“当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果”，“当事人申请鉴定经人民法院同意后，由当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由法院指定”。第二十八条规定“一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许”。从以上规定可以看出，在民事诉讼中，双方当事人享有平等的鉴定请求权，一方当事人自行委托鉴定的，另一方当事人申请，可以重新鉴定，法官控制鉴定的最终决定权。为了保障当事人的鉴定申请权能实质性的行使，法律还应规定，只要当事人提出的鉴定申请符合法定程序性要件，法院就应当批准，不得对控辩双方实行差别对待或歧视。法院不批准当事人的鉴定申请得说明理由。

由上述规定，还可以看出， 民事案件中鉴定事项应由当事人决定。法院认为某一事项须由专家鉴定时，应向当事人说明，是否提交鉴定，由当事人决定。不排除当事人诉前自行委托的鉴定结论，但应在庭审前开示，另一方当事人有证据反驳并申请重新鉴定的，应予准许。法院收到当事人要求鉴定的申请后，同意进行鉴定的，由当事人双方达成合意在鉴定人名册上选任鉴定人。如果当事人不能达成合意由法官指定鉴定人。法院不同意进行鉴定的，应当向当事人说明理由。在《证据规则》中没有提到人民法院是否能够依职权启动鉴定程序，但 人民法院的司法鉴定，主要应当依据当事人的申请进行，当事人不申请，必须进行司法鉴定而依职权进行的情况是极少的，应当严格掌握。

而且，目前各鉴定机构仪器设备的先进程度和鉴定人员的技术经验水平差别较大，鉴定人的职业道德操守层次不一，都可能影响鉴定结论的科学性、权威性与公正性，从而使当事人对司法鉴定的整个过程和实体结果都可能产生怀疑。在此情况下，赋予当事人基于相关证据上的合理怀疑而申请重复鉴定或补充鉴定的选择权、申请权实有必要。

但是，因法官在司法鉴定程序中具有最终决定权，为回避在认定案件事实上的某些风险，目前的司法实践中常存在法官随意启动鉴定程序，包括随意重新鉴定，甚至出现暗示、曲解法律等诱导或逼迫当事人进行鉴定的情况。因当事人双方往往处于对立层面，鉴定结论作出后往往有一方不甚满意，动辄要求重新鉴定，滥用重新鉴定申请权，而法官出于种种理由，经常无原则的同意重新鉴定，从而拖延了诉讼周期，并在同一案件中出现多份互相矛盾的鉴定结论，为定案止争带来隐患，经常导致上访缠诉。